Простые метрики окраски ДНК для прижизненного отслеживания организации хроматина

Авторы предложили две простые метрики, полученные из изображений ДНК, — Diffuse Signal Index (DSI) и 1-Gini — и сравнили их с коэффициентом вариации (CV) как показателей реорганизации хроматина без фиксации. Используя выраженный переход хроматина от компактного к декомпактизированному при NETosis, они показали, что все три метрики отслеживают прогрессирующую реорганизацию хроматина, при этом DSI обеспечил наиболее сильную дискриминацию на уровне траекторий между NETing- и non-NETing-клетками. Все три метрики также коррелировали с измерением доступности хроматина на основе ATAC-see в фиксированных клетках, что подтверждает их биологическую интерпретируемость. В делящихся клетках метрики фиксировали митотическую компактизацию хроматина и постмитотическую декомпактизацию. Авторы предоставили NucMetrics — открытый набор макросов ImageJ/Fiji для вычисления CV, DSI и 1-Gini.